一九九七年「台灣國」國中教科書修訂施教，內容對「宗主國」日本十分肯定讚美，日本人受此啟發，增強了其「自尊自信」，乃有「新歷史教科書編纂會」主編了日本「中學歷史教科書」送審通過的風波。由於小林先生也參與執筆，他在這本《第二波台灣論》中以當事人的身分花了極大篇幅討論此事。
首先小林先生揪出了「抓耙子（奸細）臥底」，指出「日中友好會館」館長後藤田正晴、外務省亞洲局地域政策課課長小原雅博、前駐印度大使野田英二郎三人，混進日本「教科書檢定審議會」，把尚未審議的、還可修改的「白皮版本」洩漏給韓國和中國，引起韓、中的一連串抗議風波。
原本日本的教科書並非國定統一的，而是由文部省審查，合格者往往多達七、八本，然後由各學校自行選擇採用。過去的歷史教科書被小林稱為「自虐式」，使得日本學童「產生根深柢固的罪惡感」、「對中、韓感到羞恥」、「付錢消災」、「唯唯謝罪，缺乏獨立思考」、「下一代年輕人服從，從屬於中國」真是足以動搖國本！小林大罵前述這類「抓耙子」「不照顧日本利益，卻拚命為中國利益代言」是日本的「漢奸」（應是日奸、和奸），「應該予以砍頭」！
經過小林等人的奮鬥，由「編纂會」主導的「扶桑社」版教科書順利過關，而野田英二郎等「抓耙子」被「教科書檢定審議會」除名，小林善紀大獲全勝！
小林說：「一九二○年代歐洲就出現教科書改善運動」、「各國彼此注意對方的歷史教材是否有煽動民族敵愾心以及偏見的狀況」、「至於亞洲方面，日本屬單獨文明圈」、「我們不能忽略更不能破壞祖先們擺脫中華秩序確立「日本」的努力，所以要日本和亞陸各國「協調歷史」是絕不可能的。」
今日歐洲能夠逐步走向和諧團結甚至統一，使用共同「歐元」貨幣，其原因就是歐洲世仇的各國能夠有「教科書改善運動」，各國互相尊重對方的歷史教材並交流意見互相修正，這與「單獨文明圈」、「擺脫中華秩序」根本沒有關係。小林善紀悍然拒絕和各國「協調歷史」，交流意見，否認其文明與亞陸各國，尤其與中國的淵源，自稱為「屬單獨文明圈」，真是狂妄無知已極！他的姓氏「小林」這兩個漢字是從何而來？那些片假名、平假名又是從何而來？不是「中華文明圈」是什麼？小林更反咬一口說，中、韓兩國的教科書是明顯「反日」，這樣的日本怎麼可能與亞陸各國和諧相處呢？除非亞陸各國像「台灣國」這樣心甘情願做日本「子國」、「奴國」、「兒臣國」！
小林等人編纂的歷史教科書說：「日本發動戰爭與對外殖民乃受到周邊諸國壓力，不得已而為，所以，日本沒有錯。」「那個時代，國際權力遊戲就是如此玩法的」，於是發動戰爭與對外殖民，奴役殘殺外國外族，都是正當合理的。「日本沒有錯！」「我們必須全力維護自己的語言與歷史詮釋權！」凶橫霸道視亞陸各國如無物！如果沒有李登輝、金美齡、呂秀蓮等等台灣皇民奴的讚美鼓勵，日本右翼小林之流敢如此狂妄嗎？ | 
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