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檢調大舉搜索《壹週刊》，令人聯想前年十月間檢察官搜索中時晚報的事件。除了時間及搜索處所不同外，其他情節皆似曾相識﹕國安局劉冠軍案、媒體刊載機密文件、檢察官搜索媒體、媒體抗議政府打壓新聞自由、法務部堅持一切程式合法。貫穿這兩個不同事件的共同主軸為：國家安全、刑事偵查、新聞自由之分際何在？ 
在中時晚報事件後，輿論群起攻擊檢察官，立法院也修法剝奪檢察官偵查之利器－搜索權。依新的（去年七月一日生效）刑事訴訟法規定，除緊急狀況外，檢察官必須向法院聲請搜索票。昨日的壹週刊搜索案，檢察官是在取得法院核發之搜索票後，始依搜索票內容執行搜索，因此法務部宣稱一切程式合法。法務部長陳定南表示「媒體不是搜索禁地」、「我國憲法都沒有保障國會不能搜索，更何況是報社」，對於新聞自由與刑事偵查的分際，似已表達明確的政府立場。誠如是嗎？ 
新聞自由為憲法保障之第四權，乃無庸置疑之事。我國憲法第十一條規定：「人民有言論、講學、著作及出版之自由。」大法官釋字第三六四號解釋，新聞自由屬於憲法第十一條保障之範圍。雖然如此，是否即表示報社不得搜索？新聞自由固然重要，但政府偵查犯罪發現證據之執法利益，亦同等重要，無理由使新聞媒體成為不得搜索之「治外法權」地域。惟若允許政府任意搜索新聞媒體，又恐造成寒蟬效果，人民不敢提供消息給新聞媒體，影響甚至切斷新聞媒體取得秘密消息之來源。所應斟酌者，應是如何能同時兼顧執法利益與新聞自由？ 
美國過去亦發生警察持搜索票搜索報社的案例，報社控告政府侵犯憲法言論自由對報社的保障。美國聯邦最高法院於一九七八年Zurcherv. Stanford Daily案判決，媒體得成為搜索的對象，但必須符合搜索的一些重要原則：必須要有相當理由相信得發現證據、搜索票必須明確描述所欲搜索處所及所欲扣押之物、搜索扣押行為必須合理。在判決中，聯邦最高法院強調其係基於憲法解釋而作，但立法或行政機關得設立更嚴謹的規定，以保護新聞自由或防止警察的濫權。美國國會亦於一九八○年制訂隱私保護法（Privacy Protection Act），規範對新聞自由相關行業之搜索。該法將新聞媒體人員所持有之文書資料，區分為媒體人員採訪後所撰寫之筆記、草稿、新聞稿、紀錄等，與線民所寄託之文書資料二不同類型。對於前者，除有列舉的兩種例外情形外（媒體人員犯罪、防止死亡或重傷害），政府不得為搜索扣押。對於後者，除上述兩種列舉例外情形外，原則上必須先要求新聞媒體主動提出，若其拒不提出，或命其提出可能會導致資料的滅失、變造、或隱匿，此時政府始得為搜索扣押。 
雖然美國法律准許對新聞媒體為搜索扣押，但對於書籍雜誌的扣押卻有特別的限制。美國聯邦最高法院表示，依搜索扣押程式扣押書籍雜誌時，政府僅得扣押一本或幾本，因為書籍雜誌之內容完全相同，扣押一本已足成為犯罪偵查的證據，不得「大量」扣押書籍。當政府欲扣押「大量」的書籍或刊物時，因為人民有知的權利，在為扣押前，必須舉行聽審，由當事人雙方（即政府與媒體）辯論，經法官裁決，始得扣押「大量」的書籍。 
前年中時晚報事件，僅使檢察官喪失了搜索權，但新聞自由、國家安全、刑事偵查的分際為何，我國法律完全未因此改進。雖然學者不斷建議應立法明確規範，但似乎未見政府有任何舉動。法務部長的一番話－「我國憲法都沒有保障國會不能搜索，更何況是報社」，就憲法層次論，固為正確。但此誠為良善之政策？會不會因為搜索而造成寒蟬效果，阻礙媒體對政府的監督，影響人民知的權利？難道不能制訂明確的法律，同時兼顧刑事偵查與新聞自由？ 
《壹週刊》搜索案最值得爭議者，應是檢調查扣十多萬本雜誌的部分。報載，檢調單位查扣十多萬本週刊，「載走兩卡車雜誌及半成品」。政府查扣的目的，究竟是怕人民知悉該刊物的內容，還是要成為將來審判的證據？若目的是成為將來審判的證據，每本雜誌的內容均相同，扣押十本或一百本，應該即足成為將來呈堂的證據（或扣押一千或一萬本亦可），有必要扣押十餘萬本嗎？如此大量的扣押，似乎已逾越搜索扣押的合理範圍，嚴重侵犯人民財產權，也影響言論自由的流通。若政府目的在防止人民知悉此刊物內容，而不是刑事偵查的證據，即應向法院聲請假扣押或假處分，不應該假檢察官之手行搜索扣押。但報載，國安局聲請假扣押遭法院駁回。既遭駁回，即表中立超然的法官判斷：國安局無權禁制人民知悉此一內容。法院表示不准政府假扣押，政府又轉個圈，依刑事偵查搜索扣押之名，扣押十餘萬本兩卡車雜誌，豈為正當？政府真的堵得住現代資訊的流通嗎？ 
劉冠軍案未結，新聞自由與刑事偵查之衝突未息。歷史一再重演，我們的社會是否因此比較進步？在中時晚報案後，又發生壹週刊案，是否會有下一次的媒體搜索？如何解決衝突，政府應有正確的觀念，從法制面著手明確予以規範保護。