陳水扁總統出版「世紀首航—政黨輪替五百天的沈思」一書，其中第二篇章「兩性共治的時代」， 提及副總統呂秀蓮不像「備位副總統」，反而像「半個總統」。
據聯合報十月二十八日頭版頭條新聞記者彭威晶台北報導：總統府二十七日繼續公布陳水扁總統新書「世紀首航—政黨輪替五百天的沈思」第二篇章「兩性共治的時代」。書中說，前總統李登輝有一次向他強調「千萬不可讓副總統看公文」，因為這是體制問題。陳水扁引用李登輝這段話的原因是，有憲法學界朋友告訴他，比起前任副總統，呂秀蓮的表現一點也不像副總統，反而像是「半個總統」；陳總統認為「這是個值得深思的問題」。 
陳總統出版新書引起各界關切，二十七日曝光的「兩性共治的時代」揭露總統大選選擇呂秀蓮擔任副手的祕辛，也提及自去年五二○以來令外界關心的扁呂關係；他在書中並以包容的態度表示，「呂副總統是有智慧的人，相信未來她對於角色的認知會越來越清楚，也會越來越有分際。」 
陳總統說，儘管憲法明訂副總統為備位元首，沒有賦予任何明確職權，他還是儘量讓呂秀蓮能瞭解國政，他當選後曾說希望有機會讓副總統看公文；但李前總統多次提醒他，一定要注意總統、副總統角色分際。有一次李前總統對他強調，「千萬不可讓副總統看公文」，這是體制問題。 
對於憲法學界提醒陳總統，呂副總統不像「副總統」，反而像「半個總統」，陳總統說，儘管他希望呂秀蓮多瞭解國政，但角色不能混淆，一切必須依憲政體制。 
同日同報同版中央社廿八日電：副總統呂秀蓮表示，對陳總統新書有關「兩性共治」的論述至表欽佩，但強調她研讀法律，對憲法規定「尚稱了解」，也從未逾越權限。鑑於選戰當前，她對書中所述「擬予保留、不作說明」，外界不要做無謂揣測。 
作者認為陳水扁啟示呂秀蓮應多瞭解副總統的備位權限，而呂秀蓮立即回應從未逾越權限，鑑於選戰當前，暫不多言。好像打了回票。在下有詩為證：
政權輪替已逾年
總統出書喜氣揚
副座回音全率直
當前選戰不多言
二○○一年十一月二日發稿。